Os outros rios do município são o Riacho, Comboios, Preto, Verde, Ribeirão, Três Irmãos, Gemuhuna, Guaximdiba, Sahy, Santa Joana e Rio da Prata. As lagoas de Aracruz ficam em seu extremo norte e são as Lagoa do Meio, de Baixo e do Aguiar. A maior parte delas serve de divisa intermunicipal, com parte de suas águas em Linhares. Grande parte delas ainda é utilizada para a pesca artesanal dos indígenas.
